$conda install -c conda-forge pypy3.6
下記の記事にもあるとおり、anacondaの環境ではpipを使わないほうが良さそうなので、condaコマンドでinstallします。
version3.6以外をインストールしたい場合は、下記のanacondaパッケージ検索ページにあるversionを指定します。
https://anaconda.org/search?q=pypy
2019/09/09現在、pypy2.7, 3.5, 3.6 がインストールできるようです。
以上、anacondaにpypyをインストールする方法の紹介でした。